Hola.
¿Te refieres a VERP?. Si un artículo está en una factura no te dejará borrarlo a no ser que borres la factura, ya que tienes en las líneas de factura un enlace maestro a artículos. Por consistencia no debe dejarte borrarlo.
Si lo que necesitas es que tu usuario no pueda volver a utilziar un artículo, aunque esté en facturas, deberás implementar algún tipo de campo del tipo Baja o Inactivo y gestionarlo por programación.
Saludos.