Buenas:
Si existen ID’s repetidos, la regeneración de índices no puede ayudar puesto que simplemente ocultará esos registros en el índice único por ID
Tienes que cargar todos los registros por un índice que admita repeticiones, ordenar por fecha y hora y modificar el campo ID con valor 1 por un valor siguiente al último de los usados (y de los que uses en el proceso de corrección). De esa forma los registros volverán a estar incluídos en el índice de clave única y, posiblemente, todo volverá a la normalidad.
Saludos. Ramiro